第一集的一年之後，桐生和遙正在拜祭由美和風間，這時第五代東城會會長寺田行雄來到，他正想和近江連合和談，阻止一場黑道大戰，先來問桐生的意見。卻突然來了幾個近江連合的殺手，把寺田殺死，寺田臨死前要桐生為他送信到近江連合，他還是希望能夠和談。桐生臨出發到關西前，先去見堂島大吾，他就是十年前錦山所殺的老大的兒子，五年前像瘋了一樣到關西犯了事，被關了幾年，而桐生覺得他有能力重整東城會。當見過大吾後，大吾說要和桐生同行，因為五年前他在關西是被人陷害的。
桐生遇上了郷田龍司，他是近江連合第5代會長郷田仁的獨生子，龍司下令向東城會的地方發放炸彈。翌日桐生去見郷田仁，郷田仁亦想和談，但龍司再出現，並想控制近江連合，於是桐生和大吾就保護郷田仁離開。大阪府警第四課主任狭山薫出現逮捕桐生，其實上級要她把桐生帶回東京，但她被鎗手打中，而大吾及郷田仁也同時被捉住，桐生和薫於是趕回東京。
他們調查事件發現涉及一個韓國幫會真拳派，當救出大吾，又發現一個東城會的頭目新藤浩二是內鬼，他原是錦山彰手下，下令把很多東城會的人殺死。大吾將新藤浩二殺死，而知悉了二十年前真拳派被滅門的事件。二十年前，東城會想要消滅韓國幫會真拳派，於是派出風間新太郎及嶋野太去把他們全部殺掉。當年桐生亦在場，而一天只有三個生還者，包括了村井和另二人。另外幫會頭領的妻子和小孩，當時被一個警探瓦次郎所救，狭山薫認為自己就是那個小孩。
近江連合的一個頭目千石虎之介把遙捉住用來要脅桐生，反而被他的同黨郷田龍司不屑其行為而殺死，真拳派的另一生還者把偵探伊達真捉住，並開鎗打中瓦次郎。瓦次郎這時才說出真相，原來當年那個小孩離開了他母親，後來瓦次郎和那女人相愛，生下了狭山薫，但那女人最終被真拳派的人殺死，臨死前希望女兒能得到新生活，幫她找到養母，瓦次郎亦不再去找女兒。瓦次郎說罷真相後在女兒懷中死去。
桐生知道真拳派設下了三十一個炸彈，想要毀滅整個城市，於是要大吾去找出炸彈，自己則對付郷田龍司。他們查到郷田龍司就是當年的小孩，所以狭山薫其實是他妹妹，她想去勸阻郷田龍司，而桐生出現把郷田龍司打敗。這時寺田行雄竟然出現，他原來是第三個真拳派生還者，報下假死之局讓兩幫互拼。然後近江連合另一頭目高島遼出現，他和寺田行雄合作設下幕幕佈局，更在這刻把寺田和郷田仁也殺死，企圖奪取全日本黑道領導權。當他要殺薫時，郷田龍司撲起把他殺掉，郷田龍司亦和桐生一戰，最後郷田龍司死去，剩下桐生及薫二人 。
角色列表:
桐生一馬
遊戲主角，原為東城會成員，曾為了好友而進了十年牢獄，擔任過第四代會長，被稱為"堂島之龍"
在一百億事件之後被人叫做傳說的黑道。有著強烈的正義感和深厚的感情，是個為仁義而生的男人。和朋友錦山及由美是一起在孤兒院長大的夥伴。
郷田龍司
近江連合第五代會長郷田仁的養子，真拳派幫主的兒子，狭山薫的哥哥，被人稱為關西之龍，在背後紋上四神獸之首金龍的刺青，深信一山不能藏二龍，所以一心要挑戰桐生，最後力盡
死去
狭山薫
大阪府警第四課主任，是瓦次郎和韓國黑幫夫人的女兒，也是郷田龍司的妹妹，和桐生相戀
大學時，以20歳之姿通過國家公務員Ⅱ種考試並且在畢業後受到人事院的推薦進入警界，並且被大阪府警錄用。之後最短的四年時間晉升為警部補和主任位置，被人稱為「反黑女」。
堂島大吾
現任東城會第六代頭目，堂島宗兵的兒子，曾到關西犯事而入獄，背後刺有不動明王的刺青
本身個性剛毅而且有人望，之後在近江連合的鄉龍會進攻神室町時帶領整個東城會成員齊心對抗，讓桐生發表能讓他擔任東城會第六代會長的言論並獲得彌生和柏的贊同。
真島吾朗
東城會直系嶋野組若頭兼真島組組長，被稱為"瘋狂的嶋野"，戴著一副左眼的眼罩，多次向桐生挑戰，屢敗屢戰, 在近江連合直參、千石組將大量的成員送入神室町時，被他以一人之姿全數擊退，保護了沒有桐生的神室町。但這個時候，他自己也身負重傷，等稍微到了後面時，又像完全沒事一樣以五肢健全
的樣子登場，可見其實力之強
伊達真
搜査四課的警官，在一百億事件結束後，辭職和女兒沙耶一起生活，一直協助桐生
在一課擔任刑警時與當時受他尊敬的學長瓦搭檔調查外國人非法滯留事件，但在看到瓦對那些外國人一個一個射殺掉後，讓他的敬意從此消失，但其實心裡還相當擔心他。
澤村遙
澤村由美和神宮京平的女兒，自小在孤兒院長大，現在由桐生照顧，或是她照顧著桐生
在一開始因為寺田遇刺事件而感覺到桐生將有新的挑戰，而自願回到以前的孤兒院等待桐生的回來，在
在後期會出場並且遇到被綁事件以及要被發掘為偶像的事件。
瓦次郎
警視廳公安部外事二課刑警，第二集的二十年前在真拳派滅門案中救出幫主夫人，和她相戀誕下狭山薫
，但為了給她新生活而沒有認她女兒，在第二集中死去 
郷田仁
近江連合第5代會長，由於年紀大和歷經多場戰鬥而坐著輪椅。原本打算接受東城會和近江聯合平分地盤的提議，但被反對的兒子郷田龍司所綁架。後面親眼看見桐生和龍司的死鬥，從而知道龍司的痛苦、向挾山表明要帶龍司一起自首，結果遭到主謀高島遼所殺。
千石虎之介
近江連合直参千石组组長，雖和郷田龍司是同謀，但因為用卑鄙手段捉了遙，被郷田龍司所殺死 
高島遼
近江連合直参近江高島會會長，第二集的幕後黑手，處心積慮想成為日本黑道第一人，背叛近江連合，不但與真拳派聯手合作，還和寺田行雄 聯手想要消滅東城會，企圖掌握東城會並且殺掉鄉田仁成為第六代會長後來稱霸日本的黑道 最後殺了鄉田仁及寺田、但被郷田龍司槍殺，不過他和龍司的槍戦也讓龍司身負重傷。
賽之花屋
賽河原提供情報的人，其實以前是警察伊達真的同事 ，「2」中，則是轉換位置到位於千禧年塔的第50
層來收集情報。後面因為新據點遭破壞而回到賽河原舊據點。
堂島彌生
堂島宗兵之妻，非常愛堂島宗兵。對於被認為是殺夫仇人的桐生而想要報復他，但在經過桐生説明而知道整個事件的真相後才停止報復的念頭。「2」中因為寺田被殺，而暫時代裡第五代會長的職務。 
林弘
「2」中，則是被龍司所吸引，而以打算讓他取得天下的鄉龍會成員豋場。因為一年前事件的關係而再
而再次挑戰桐生，但也再次敗給桐生。
新藤浩二
原是東城會直系錦山組的若頭，跟隨錦山彰，第二集時昇為第2代組長，吸收沒有組長的嶋野組、堂島組的成員，最後率領手下進攻東城會本部企圖奪權
別所勉
大阪府警捜査四課課長。通稱為「蝮蛇的別所」。是個腔調濃厚的大阪人、實際上在赴任府警前，屬於警視廳神室署的四課。他也和26年前的事件有關係、和瓦一起負責真拳派和堂島組的抗爭事件並且協助真拳派的生存者朴逃往關西、他也給朴新的名字村井。
