一开场，黑执事登场…… 梅露露公主一个人逃出了王宫，清新的背景乐曲中，梅露露在城镇内到处闲逛，最后步入了自己的梦想之地……
一进门就看到睡着的托托莉，剧情后，托托莉开始教习简单合成方法规则：
随后的剧情女仆登场…… ，接下来要采集素材，剧情直接来到森林，根据提示采集场景内3处提示点的素材，按圆圈确认每个素材，最后按方块确认。全部3处采集完毕，剧情。
开始第一场战斗，战斗很简单，系统与前作也区别不大，用普通攻击就能胜利。
胜利后两人返回城镇，遇到了黑执事鲁菲斯，返回王宫，因为想成为炼金术士而和国王大吵了一场的梅露露，在离开王宫的门口遇到了鲁菲斯的弟弟赛亚斯，没等对方把话说完，梅露露立刻前往托托莉工房。
到达工房剧情后就能调查房间角落的桌子书本存档了。在屋外，右侧水井调查可以收集到素材 水 ，右侧大树下调查获得素材 うに。
离开托托莉工房，向右侧走过版，随后向北，穿过城镇内街道（町の職人街），前往王城，进入王城后，与鲁菲斯对话，作为国王妥协的条件，需要梅露露将炼金术利用到国家的开拓发展中，剧情后接受王国第一个课题<モヨリの森の食料配達 >，剧情后赛亚斯加入成为同伴。
■ モヨリの森の食料配達
离开王都返回托托莉工房后发生剧情， 剧情后开始炼成 [手作りパイ] ，材料如下图，挨个选定后，确定数量，1个就够了。
合成后，剧情获得了第1本合成书“「はじめての参考書」”，阅读后得到了「中和剤」「ヒーリングサルヴ」「手作りパイ」 的合成方法。同时，还可以按Start进入快速到达其他地图场景 ， 离开房间按start选择“ワールドマップ”，到达大地图。然后选择右下方的モヨリの森。
进入森林与提示的守卫士兵对话，把刚才做好的手作りパイ交给士兵，完成第一个课题。离开的时候，接受士兵的委托，大地图返回王城，前往王宫内，教务室与鲁菲斯对话。
随后开始了解设施建设的相关要素，随后可以对“训练所” “アカデミー” 2个地方进行开拓，分别有各自的奖励效果。都需要40Pt开拓点，时间消耗7天。按select可以查看各自的奖励效果。
| 訓練所 | 40 | 7 | 冒険の心得 | 战斗中未参与战斗的同伴能获得一半的经验值 |
| 修行の成果 | 战斗获得的经验少量提升 | |||
| アカデミー | 40 | 7 | 錬金術の心得 | 调合疲劳度大幅度减轻 |
| 錬金術の学習 | 调合获得的经验少量提升 |
随意选择，这里笔者选择了开拓アカデミー ， 比较讨厌调合疲劳度和经验过少问题。剧情后，梅露露和自己的父王也和解了，看到公主的这份执著，国王也只好认同了。但是制定了整个游戏的大发展方向计划：
アールズ発展計画：期間：3年後の4月1日まで/最終目標人口：30000人以上/1年目目標：5000人以上
这个也就是本作最终的游戏目标，第1年需要将国内人口数量提升到5000人以上。
另外，还获得第2本合成书「錬金建築工学教本」，能够调合 「クラフト」「研磨剤」「圧縮木材」「小麦粉」「ゼッテル」几种物品。
关于人口增长，目前来看通过开拓各个设施能够提升人口数量，具体的设施相关奖励效果和人口提升，请看这里>>>>
离开王宫前往街道酒场， 这里触发剧情，随后就能接受酒场委托，委托分为「納品クエスト」收集任务、「討伐クエスト」讨伐任务，完成任务可以获得相应的金钱报酬。
大地图前往モヨリの森， 課題「森の草刈り」，这之后的全部开拓任务，都能在按三角按键的系统菜单中，选择开拓项目查看。
■ 課題「森の草刈り」
不断采集收集采集点的ブレイン草，如果周围没有采集点，可以离开再进入，采集数量可以累计。一直采集到出现“Complete”提示，自动发生剧情。
完成这个课题后返回王城，执务室与鲁菲斯对话，王国规模级别提升「田舎男爵の村」开启新的采集地「ハンデルの森」。获得新的合成书 【アールズ開拓旧史】
接着返回托托莉工房，剧情后可获得「にんじん」×2、「フェスト」×2、「ハチの巣」×2， 同时フアナ雑貨开启， 离开工房然后再进入，剧情后 男の武器屋开启。
接下来进入玩家自主活动期间，目前的剧情开拓任务有下面2个大类，在完成剧情开拓任务积累pt点数，然后到鲁菲斯执务所选择设施发展。力图到达第1年下面的剧情任务目标。
第1年目目標：5000人以上
注意下面的开拓任务，只能按照前面的数字顺序完成。
完成上面的全部任务，新增王宫课题，大地图西面 北面新增2个地点。
前往王宫，发生剧情，梅露露和缇娜回忆小时候看流星的场景。来到执务室，与鲁菲斯对话，选择“课题报告”，王宫课题I开启。
课题列表说明看这个贴子：《梅露露的工作室阿兰德的炼金术师3》系统攻略
最后2个需要2种调合道具。
| 合成物品 | 调合等级 | 调合类别 | 调和需要的素材 | 相关合成书 |
| クラフト | 2 | 爆弹 | ニューズ x2 | 錬金建築工学教本 |
| ヒーリングサルヴ | 1 | 薬品 | マジックグラス x2 植物類 x1 水 x1 | はじめての参考書 |
ニューズ 針葉樹林可采取
マジックグラス 調和の小川可以采取、 或者マンドラゴラ掉落 ，推荐小川采集
植物类 比如小麦之类的都可以
完成王宫课题时间走到6月23日，返回工房发生剧情，调查工房门前的信箱，随后鲁菲斯执务室出现新的开拓任务。前往执务所与鲁菲斯对话，课题报告后，开拓任务[モヨリの森III] 开启。
全部完成后，系统提示返回城，去执务室与鲁菲斯对话，新的开拓任务[ハルト砦I ]开启。王城等级提升，获得[名も知らぬ城伯の村]称号
另外，如果向北穿过开拓者村的迹地，返回王城工房前信箱看一下新的信，与鲁菲斯对话，选择课题报告，开启新的任务 [新地開拓III]。
如果北面向西穿越きのこの森，返回王城向鲁菲斯课题报告，就会开启新的开拓任务 [新地開拓II]。完成新地開拓II 台地への道后，返回工房，托托莉会加入成为同伴。同伴超过3名，就牵扯到更换随队出战的同伴人选问题，与托托莉对话，选择让她加入，同时选择被更替离队的同伴。
